Molecular Interactions. On the Ambiguity of Ordinary Statements in Biomedical Literature

Statements about the behavior of biochemical entities (e.g., about the interaction between two proteins) abound in the literature on molecular biology and are increasingly becoming the targets of information extraction and text mining techniques. We show that an accurate analysis of the semantics of such statements reveals a number of ambiguities that have to be taken into account in the practice of biomedical ontology engineering: Such statements can not only be understood as event reporting statements, but also as ascriptions of dispositions or tendencies that may or may not refer to collectives of interacting molecules or even to collectives of interaction events

Permanent generic relatedness and silent change

Given the assertion of a relation between two types, like: “Epidermis has part some Keratinocyte”, we define silent change as any kind of change of the instance-relata of the relation in question that does not change the truth-value of the respective type-level assertion. Such assertions are notoriously difficult to model in OWL 2. To address this problem, we distinguish different modes of type-level relatedness giving rise to this problem and describe a conservative extension to the BFO top-level ontology that allows expressing these modes

Konstitution und Dauer sozialer Kontinuanten

The constituents of social entities (and of social continuants in particular) determine whether or not a social thing comes to be, persists and perishes. John Searle hints at two very different accounts for the persistence of social entities, a mere past related account and an acceptance theoretic account, whereas Margaret Gilbert's account is based on deontic entities like obligations or joint commitments. I demonstrate that Gilbert's account can also accommodate Searle's examples. While oblivion, protests or violence can be historical causes of the destruction of social entities, they cannot be considered to be the ultimate causes of the perishing from Gilbert's point of view. Social entities rather perish because of the treatises or divorces that dissolve their deontic constituents

Konstruktion und Dekonstruktion des Radikalen Konstruktivismus

Der Radikale Konstruktivismus hat nur wenige Anhänger\ud unter Philosophen, dafür aber zahlreiche in der Soziologie\ud und der Kommunikationsforschung, der Neurologie und\ud Kognitionswissenschaft. Im folgenden sollen einige der\ud Thesen und Theorieentwürfe dargestellt werden, die für\ud den Radikalen Konstruktivismus repräsentativ sind. Dabei\ud lasse ich mich von der Darstellung von Siegfried J.\ud Schmidt in seinem Einleitungsaufsatz zu dem von ihm\ud herausgegebenen Sammelband Der Diskurs des Radikalen\ud Konstruktivismus leiten, der entsprechende Anregungen\ud in Überfülle präsentiert (Schmidt 1987b). Wir brauchen\ud einen roten Pfaden durch dieses Theorien-Labyrinth, und\ud ich habe mich für die Leitfrage entschieden: Wie konstruiert\ud sich der Radikale Konstruktivismus? Dazu frage ich\ud zunächst nach dessen Selbstverständnis und wende mich\ud dann den Bausteinen Erkenntnistheorie, Kommunikationsmodell\ud und Wissenschaftsauffassung zu. Abschließend\ud werde ich einige Probleme des Radikalen Konstruktivismus\ud diskutieren und damit gleichsam zu prüfen, wie stabil\ud das Haus des Radikalen Konstruktivismus gebaut ist

Praktikabilität des Kontrollverfahrens zum GVO-Verbot im Ökologischen Landbau

Ziel des im Rahmen des BÖL geförderten Projektes war die Weiterentwicklung des Kontrollverfahrens nach VO (EWG) Nr. 2092/91 (EG-Öko-VO) hinsichtlich der Überprüfung des Einsatzverbotes genetisch veränderter Organismen (GVO) und deren Derivate bei ökologisch erzeugten Produkten. Es wurde als Kooperation zwischen dem Bundesinstitut für Risikobewertung (BfR) und der Kontrollstelle Gesellschaft für Ressourcenschutz mbH (GfRS) durchgeführt. Methodische Grundlagen des Kontrollverfahrens wurden analysiert, wobei die Schnittstellen zwischen ökologischer und konventioneller Produktion von besonderem Interesse waren. Als Ergebnis wird eine Kontrollsystematik vorgeschlagen, mit der Kontrollstellen die Einhaltung des GVO-Verbotes überprüfen können. Die Komponenten dieser Kontrollsystematik enthalten eine Interpretation des Anwendungsverbotes von GVO und GVO-Derivaten. Eine Risikoliste enthält Stoffe aus der konventionellen Produktion, die nach EG-Öko-VO wirtschaftende Betriebe einsetzen dürfen und die GVO und/oder GVO-Derivate enthalten oder sein könnten. Bei risikoorientierten Betriebsbegehungen wurden kritische Kontrollpunkte in Erzeugungs-, Verarbeitungs- und Importunternehmen von Lebens- und Futtermitteln identifiziert. Die Kontrollsystematik wurde in einer Musterverfahrensanweisung formuliert. Diese wurde durch eine erweiterte Risikoliste, Listen kritischer Kontrollpunkte für vier Unternehmenstypen, eine Übersicht wichtiger Probenahmevorschriften, Probenahmeformulare und eine Checkliste für Inspektionsbesuche ergänzt. Innerhalb des Projektes wurden 65 Produkte (Lebensmittel, Futtermittel, Saatgut) mittels Real-Time PCR auf die Anwesenheit von GVO untersucht. Die quantitativen Analysen ergaben bei konventionellen Futtermitteln Hinweise auf den Einsatz von GVO. Die in ökologisch erzeugten Futtermitteln ermittelten GVO-Anteile waren geringer und deuteten eher auf eine Verunreinigung hin. Ein Nachweis von gentechnisch veränderten Mikroorganismen, zur Frage ob es sich bei einem Stoff um ein GVO-Derivat handelt oder nicht, sollte nicht über ein molekularbiologisches Verfahren durchgeführt werden. Die Ergebnisse des Projektes werden in Form eines Handbuches für die Anwendungspraxis verfügbar gemacht

Biomedizinische Ontologie: Wissen strukturieren für den Informatik-Einsatz

Dieses Buch betritt Neuland. Es ist eine Einführung in das neue Gebiet der angewandten Ontologie, jenem multidisziplinären Arbeitsgebiet, in dem Philosophen gemeinsam mit Informatikern und Vertretern der jeweils thematischen Wissenschaftsbereiche, in unserem Fall mit Biologen und Medizinern, daran arbeiten, wissenschaftliches Wissen informationstechnisch zu repräsentieren. Es zeigt, wie Philosophie eine praktische Anwendung findet, die von zunehmender Wichtigkeit nicht nur in den heutigen Lebenswissenschaften ist. Und so richtet sich dieses Buch an Philosophen, aber auch an interessierte Biologen, Mediziner und Informatiker

Representing dispositions

Dispositions and tendencies feature significantly in the biomedical domain and therefore in representations of knowledge of that domain. They are not only important for specific applications like an infectious disease ontology, but also as part of a general strategy for modelling knowledge about molecular interactions. But the task of representing dispositions in some formal ontological systems is fraught with several problems, which are partly due to the fact that Description Logics can only deal well with binary relations. The paper will discuss some of the results of the philosophical debate about dispositions, in order to see whether the formal relations needed to represent dispositions can be broken down to binary relations. Finally, we will discuss problems arising from the possibility of the absence of realizations, of multi-track or multi-trigger dispositions and offer suggestions on how to deal with them

The power of A/B testing under interference

In this paper, we address the fundamental statistical question: how can you assess the power of an A/B test when the units in the study are exposed to interference? This question is germane to many scientific and industrial practitioners that rely on A/B testing in environments where control over interference is limited. We begin by proving that interference has a measurable effect on its sensitivity, or power. We quantify the power of an A/B test of equality of means as a function of the number of exposed individuals under any interference mechanism. We further derive a central limit theorem for the number of exposed individuals under a simple Bernoulli switching interference mechanism. Based on these results, we develop a strategy to estimate the power of an A/B test when actors experience interference according to an observed network model. We demonstrate how to leverage this theory to estimate the power of an A/B test on units sharing any network relationship, and highlight the utility of our method on two applications - a Facebook friendship network as well as a large Twitter follower network. These results yield, for the first time, the capacity to understand how to design an A/B test to detect, with a specified confidence, a fixed measurable treatment effect when the A/B test is conducted under interference driven by networks.Comment: 14 page